見立層が出来る頃
文献によっては古第三紀始新世（約５千万年前）という説もありましたが新しい説を採用しました。特徴は化石が含まれていないということです。ということは寒冷化した時期なのか、砂漠で海に生物がいなかったということになります
前期火山活動
祖母火山の活動の始まりは１３００万年前だといわれる。前期の活動はおよそ３回に分かれる。主に火砕流を伴う。
コールドロン形成
コールドロンとはカルデラのことである。火山活動が休息し、マグマだまりがからになったことから山体が陥没した。二つのコールドロンができた。
祖母火山によってコールドロンが埋め尽くされる。その時の祖母山は成層火山というから富士山のような形の火山かもしれない。現在の祖母山は元祖母山の西の部分。 この活動も３回に分けられる。
再び陥没と花崗岩の貫入
その噴火活動も終息し、コールドロンが再開すると隙間から花崗岩の貫入が始まる。この時鉱山が形作られた。
準平原化が進む
１３００万年前にすべての活動を終えた祖母火山は死火山となった。その後平穏な時期がつづき、ただ浸食されるのみである。やがて１０００万年後、山もついになくなり準平原化した。
再び隆起し現在の形が作られる
今から約３００万年前に隆起し、その後各河川の浸食がおこなわれて現在にいたっているが、今から７～４万年前に阿蘇火山が大規模に活動し、火砕流が奥嶽川の谷を埋めた。それが滞迫峡の始まりとなっている。この３００万年前というのは別府雲仙地構帯が始まる時期でもある。