平成１８年の会社法改正により、以後有限会社の設立は出来なくなりました。現在では前に特例を付けて特例有限会社として存続していますが、旧有限会社の組織は事実上なくなり、全て改正後の株式会社と同等の扱いになります。
よって、出資者は株主となり、社員総会も株主総会に自動的に移行されます。

特例有限会社は、２つの選択があります。１つは特例有限会社として存続し続けること。もう１つは商号変更により株式会社に移行すること。

株式会社へ移行する場合は、新しい定款を作成し、株主総会にて承認を受ける必要があります。「特例有限会社の商号変更による株式会社の設立登記」及び「特例有限会社の商号変更による解散登記」の２つの登記を同時に申請する必要があります。

商号を変えるのは、店の看板や名刺その他備品についても取替えが必要になり、費用が嵩みます。そのまま特例有限会社として存続するもの会社も多くあります。しかし、新たに許認可等の申請をする場合に添付する定款については、株主会社の定款に則した内容に変更しておく必要があるので注意が必要です。